O Departamento é responsável pelo planejamento, supervisão e orientação na execução de procedimentos contábeis; registra, controla e demonstra a execução dos orçamentos, dos atos e fatos da fazenda pública e o patrimônio público e suas variações; registra a previsão da receita e a fixação da despesa, estabelecidas no Orçamento Público aprovado para o exercício, escritura a execução orçamentária da receita e da despesa, faz a comparação entre a previsão e a realização das receitas e despesas, controla as operações de crédito, a dívida ativa, os valores, os créditos e obrigações, revela as variações patrimoniais e mostra o valor do patrimônio.
O objetivo do Departamento Contabilidade é fornecer aos gestores informações atualizadas e exatas para subsidiar as tomadas de decisões, aos órgãos de controle interno e externo para o cumprimento da legislação. Assessorar a administração em problemas financeiros, contábeis, administrativos e orçamentários, com o objetivo de contribuir para a correta elaboração de políticas e instrumentos de ação nos diversos setores.